人們掏耳朵的目的大多是爲了清理耳屎，復旦大學附屬耳鼻喉醫院主任醫師王武慶指出，耳屎在醫學上被稱作盯聹，是外耳道耵聹腺的分泌物。從理論上來講，人是不用掏耳朵的，因爲外耳道內耵聹可借咀嚼、張口等下頜運動以薄片形式自行排出。而且，耵聹也並非是一無是處的廢物，其對外耳道皮膚有一定的保護作用，可防止黴菌等有害菌種感染，並黏住進入耳道的灰塵等，而且耳屎的特殊味道，還可防止小蟲接近。
也有不少人掏耳朵是因爲外耳道瘙癢，或者乾脆是爲了享受掏耳朵的快感。無論出於何種目的，將工具深入耳道挖都容易造成耳道損傷。王武慶解釋，耳道皮膚比較嬌嫩，如果掏耳朵用力不當，最易造成外耳道損傷感染而成癤腫，引起耳部疼痛，嚴重者可致聽力減退。
常掏耳朵還可使外耳道皮膚角質層腫脹，阻塞毛囊，反而促進細菌生長，導致耳道奇癢、流黃水，並且使外耳道皮膚長期慢性充血，還容易刺激耵聹腺分泌，耳屎反而會更多。
另外，由於耳道較深，工具深入耳道後對深淺稍有控制不當就會觸及鼓膜。鼓膜是一層非常薄的膜，厚度僅有0.1毫米。一旦鼓膜被刺破穿孔，人就會失去聽力。
海軍總醫院全軍耳鼻咽喉頭頸外科中心主任孫建軍表示，只有當某些人的耵聹過多，引起耵聹栓塞，堵塞耳道影響聽力時，纔是真正需要掏耳朵的時候。不過也最好去醫院請耳科醫生幫忙清理耳道。醫生會在耳鏡的幫助下，使用甘油將耵聹軟化，在不傷害耳道的情況下清理。
如果耵聹生長過快，在家自行清理耳道時，建議最好使用軟質棉棒，不要用指甲、鐵籤等尖銳物掏耳朵，且深度不宜超過2釐米(一元硬幣的直徑約2.5釐米)。
