縱膈子宮對懷孕具有一定影響。建議先治療疾病再懷孕，可以提高受孕率與懷孕期間的安全係數。
縱膈面積比較大時會影響精子與卵子結合，使精子與卵子無法完成受精，無法進行胚胎髮育，引起不孕。即使縱隔面積比較小，沒有影響精子與卵子結合，成功懷孕，也會由於縱隔因素影響宮腔形態，影響胎兒在宮腔內的活動，造成胎位不正，甚至導致宮腔面積減少，增加流產、早產的風險。
確診患有縱隔子宮的情況下，建議先到醫院就診，在醫生的指導下通過宮腔鏡手術或宮腹腔鏡聯合手術切除縱隔，然後再懷孕，並遵醫囑定期產檢。
