顱咽管瘤雖然說是一種顱內的良性腫瘤，但是因爲其位置非常深，位於中顱底的鞍區，周圍有很多重要的神經結構，而且腫瘤的本身又比較堅硬，腫瘤壁有很多鈣化，想要完全切除非常困難，手術風險比較大。
因此，手術後的後遺症也就比較多。如果手術當中影響到了視神經視交叉，就會出現視力障礙和視力減退以及視野缺損。
如果手術當中騷擾到了大腦垂體，可能會出現大腦垂體功能低下、內分泌功能紊亂，甚至出現尿崩症、中樞性電解質紊亂。如果手術當中損傷到海綿竇，可能出現無法控制的惡性出血。
