小兒病毒性心肌炎的治療是綜合的治療：
第一，是休息，減輕心臟的負擔，急性期最好臥牀休息三到四周，重症的要求臥牀休息三個月，恢復期也要避免劇烈的運動；
第二，抗病毒的治療；
第三，心肌炎的治療主要是心肌營養及代謝藥物的應用，如大劑量的維生素C、磷酸肌酸對等。
免疫抑制劑、大劑量的丙種球蛋白，一般病例是不需要應用的，主要應用於暴發性心肌炎及急性期病毒性的心肌炎。
出現心衰的藥應用一些血管活性的藥物控制心衰，惡性的心律失常需要應用抗心律失常的藥物，如果出現了三度房室傳導阻滯，有阿-斯綜合徵發作，可能需要安裝臨時起搏器。
另外還有中醫中藥也有一定的作用。所有的藥物治療一定要是在醫生的指導下，根據病人的個體差異，根據病情，來決定治療的方案。
總體來說，大多數小兒病毒性心肌炎的預後是良好的，少數可以轉化爲擴張性的心肌病，爆發性心肌炎預後差。
