正常月經週期運轉中，卵巢分泌的性激素直接影響子宮內膜的週期性變化，當卵巢功能失調或有器質性病變時，卵巢分泌的性激素水平低落，子宮內膜就不再發生週期性變化，由此可能發生閉經。由卵巢功能失調或疾患造成的閉經，稱卵巢性閉經。以下卵巢病變均會導致閉經：
先天性卵巢缺如或發育不全是導致卵巢性閉經的一種情況，例如:卵巢呈條索狀無功能實體,或卵巢先天未發育，導致分泌功能不足甚至不分泌。
如果婦女40歲以前絕經，表現爲繼發性閉經，並伴有更年期症狀，這就是卵巢功能早衰引起的卵巢性閉經。患者血內有對抗卵巢或促性腺激素受體的抗體，可能與自身免疫力有關。此外，卵巢組織分泌功能的不足也與卵巢功能早衰有關。
卵巢切除或組織受損也是導致卵巢性閉經的情況之一，雙側卵巢經手術切除或卵巢組織因放射治療而被破壞，以致週期性變化功能喪失，表現爲原發或繼發閉經。此外，嚴重的卵巢炎症，也會因組織受損而致閉經。
由於過量雄激素抑制下丘腦一垂體一卵巢生殖軸功能而閉經，或因持續分泌雌激素而抑制了排卵，使於宮內膜生長過長而出現腫瘤導致閉經。此類病人閉經多爲暫時性的，可通過減少激素而逐漸緩解。
