由於流行性乙型腦炎急性期過去後，大腦的某些部位尚存在充血、水腫等變化，以及神經系統的某些部位發生變性或壞死，因此極易留下後遺症狀。乙腦較爲常見的後遺症可有下列數種。
以肢體癱瘓最爲常見，其病變部位多在錐體束經過的各種部位中，主要的表現爲上運動神經元受損所致的強直性癱瘓。常會伴有同側的中樞性面癱，但脊髓灰質部(前角)的病變也經常存在，故也可見到弛緩性癱瘓。
有失語、失音、口吃等，兒童出現此類症狀較爲多見，一般多可在半年以內恢復。
爲器質性精神病，主要爲炎症之後神經細胞的變性壞死而致皮質萎縮引起，尤其以額葉發生病變時更爲明顯。多表現有強迫觀念，抑鬱症及精神分裂症，一般兒童痛成人相比較少出現此類症狀，恢復時間及恢復過程，大致與癱瘓相同。
皮質運動區或其他部位，在炎症之後形成瘢痕，故可有刺激性而產生癲癇。發病多在病後數月，以1—5歲兒童較爲多見。
由於流行性乙型腦炎急性期過去後，大腦的某些部位尚存在充血、水腫等變化，以及神經系統的某些部位發生變性或壞死，因此極易留下後遺症狀。乙腦較爲常見的後遺症可有下列數種。
爲大腦皮質廣泛受損而引起，可表現爲完全性癡呆，一般多爲呆笨、記憶力差、理解力不佳、讀書成績不好等。
常有位置不定，不太劇烈而經常發作的頭痛症狀，無暈眩及噁心嘔吐，可能爲炎症後腦膜發生部分粘連而致。
對環境瞭解，但無法到達目的地，如外出後不能白己回家，可能爲頂葉病變所致。亦有出現視力或聽力障礙、肢體發麻等症狀。
