吃大豆異黃酮的副作用通常要根據患者所處的具體狀態，比如是孕期、未成年或患有雌激素方面的疾病進行分析。
1、孕期
孕期的女性相對較爲特殊，如果此時吃大豆異黃酮極易導致藥物的有效成分通過母體被胎兒吸收，對其造成一定的負面影響，嚴重情況下甚至還可能會導致胎兒的發育出現異常。
2、未成年
未成年的女孩由於還處於發育階段，自身的卵巢和子宮相對並不成熟，此時如果服用了大豆異黃酮，就可能會使自身的雌激素水平大幅度增加，對女孩的發育情況造成影響，甚至導致其出現早熟。
3、患有雌激素方面的疾病
本身就患有雌激素方面的疾病，比如子宮內膜炎或子宮內膜息肉的患者，在服用大豆異黃酮後，就可能會導致雌激素在體內堆積，嚴重甚至會產生癌變。
