吃褪黑素第二天頭疼可能是不良反應、緊張性頭痛、頸椎病等原因引起，需根據不同病因針對性治療。具體分析如下：
1、不良反應
褪黑素屬於一種激素類藥物，如果患者的身體不能耐受該藥物，會導致頭痛和噁心等不良反應，而且頭痛通常會持續。停藥後症狀會逐漸得到緩解。
2、緊張性頭痛
如果患者在服用該藥物期間長時間情緒低落可能會誘發緊張性頭痛，可表現爲頭部昏沉、頭痛、噁心等不適症狀。可以在醫生的指導下服用萘普生膠囊、布洛芬緩釋膠囊等藥物進行緩解。
3、頸椎病
如果患者本身患有頸椎病，壓迫頸動脈時可能會造成大腦供血不足，進而出現頭疼的現象，同時可伴有頸部疼痛的現象。可以遵醫囑服用甲鈷胺片、谷維素片等藥物進行緩解。
除以上相對常見原因外，還可能是其他原因導致的，如偏頭痛、腦卒中、顱內腫瘤等。如有不適症狀，應該及時就醫進行檢查，及時進行治療，以免耽誤病情。
