男性乳腺發育症的主要治療方法是靠藥物或手術，在選擇治療方法的時候，應該注意以下兩個方面：
第一個，對於已發現有明確病因的患者，應該着重治療原發病。
第二個，藥物治療，對於新發地處於增殖、活躍期的乳腺發育症療效較好，如果病程超過一年，藥物治療效果比較差，應該選擇手術切除乳腺組織。
臨牀上常用的非手術方法：
第一個，可以用睾酮治療睾丸功能減退症，常用的製劑有十一酸睾酮口服液，以及十一酸睾酮注射液和庚酸睾酮注射液。
第二個，可以應用抗雌激素藥物來治療乳腺發育，他莫昔芬能與乳腺組織的雌激素受體相結合，阻斷雌激素的作用，進而可以改善男性乳房發育。
當乳房發育明顯，或者是伴有疼痛和壓痛的時候，或者已經發生乳腺纖維化時，抗雌激素的藥物效果是不理想的。如果藥物治療效果不好，就應該考慮手術治療。
